Město Horažďovice, jehož historické jádro se nachází na levém břehu zlatonosné řeky Otavy, bylo založeno mocným šlechtickým rodem Bavorů ze Strakonic ve 2. polovině 13. století. Tato lokalita lákala nejen svou výhodnou polohou u obchodní cesty napojující se u Sušice na Zlatou stezku, ale též těžbou zlata na Otavě a v neposlední řadě upoutával pozornost i nedaleký, mocný hrad Prácheň, někdejší správní sídlo hradské soustavy a centrum Prácheňského kraje.
Nejstarší zprávou o Horažďovicích je svědectví jakéhosi Neústupa v darovací listině Bavora ze Strakonic z roku 1247. Mezi lety 1243 až 1251 pak tuto lokalitu zakoupili právě Bavorové, díky nimž se veškeré dění z podhradí Práchně přesunulo na protější břeh. Již počátkem 50. let 13. století sem přišli strakoničtí johanité, od 70. let organizovali Bavoři hloubení příkopů, stavbu opevnění a sídelní tvrze. Roku 1293 pak Horažďovice získaly městský znak od krále Václava II.
Za husitských válek stáli horažďovičtí měšťané po celou dobu věrně na straně táboritů, ačkoliv jejich pán Menhart z Hradce podporoval Zikmunda. Čím více se však Menhart angažoval v záležitostech celozemských, tím méně se zajímal o své poddané v Horažďovicích. Kvůli dluhům se tak v polovině 15. století museli páni z Hradce města vzdát a roku 1459 jej koupili Kocovští z Kocova.
Racek z Kocova proslul jako úspěšný podnikatel, ale též jako vychytralý politik a zbabělý zloduch, který si nejprve dokázal získat své měšťany tím, že město zahrnul řadou privilegií, včetně prvního výročního svatohavelského trhu, aby je však následně nechal na pospas královským vojskům při obléhání města od podzimu 1477 do listopadu následujícího roku, kdy se vyhladovělé město vzdalo. Dočasným správcem byl ustanoven Jan ze Švamberka a to až do roku 1483, kdy Horažďovice připadly Půtovi Švihovskému z Rýzmberka.
Mocný a úspěšný Půta Švihovský vymohl pro město řadu privilegií včetně městských práv Starého Města pražského či pečetění červeným voskem. Investoval do výstavby horažďovického kláštera a opravy kostelíku na Práchni, přivedl do města minority. Zřejmě ale jeho nenávist vůči Jednotě bratrské ve městě, kde byla víra podobojí tradiční, a také zvyšování robotní a daňové zátěže zapříčinilo, že se o něm mluvilo jako o obávaném a nenáviděném pánovi, který prý upsal svou duši ďáblu.
Třicetiletá válka zanechala město v katastrofálním stavu, několikrát bylo obléháno císařskými vojsky a v červnu 1619 podlehlo rozsáhlému požáru založenému Buquoyovými vojsky. Shořela radnice, kostel, pivovar i oba špitály. Následná obnova a rekatolizační opatření probíhala už pod taktovkou Šternberků, kteří Horažďovice oficiálně nabyli roku 1622. Investovali nejen do rekonstrukce zámku, nechali vystavět také Loretánskou kapli na vrchu Stráž, četnými privilegii nadali i místní minoritský klášter.
Druhá polovina 18. století byla ve znamení zásadních změn. Horažďovice vystřídaly několik majitelů, v rámci Josefínských reforem došlo k uzavření kaple na Loretě, kostela sv. Jana na místním hřbitově i kláštera minoritů. Vlna rokoka a empíru dorazila do města spolu s novými majiteli, kterými se roku 1800 stali Rummerskirchové. Ti se proslavili především jako velcí zakladatelé, jejichž stavební úpravy proměnily tvář města téměř do jeho současné podoby. První unikátní novinkou byl umělý chov perlorodek, který při návštěvě Horažďovic obdivoval sám císař František I. Pod vlivem romantismu dali podnět k zbudování poustevny na Práchni, pustili se do úprav anglického parku na Ostrově a společně s novou Panskou zahradou jej osadili vzácnými druhy květin a stromů.
Posledními majiteli horažďovického panství byli Kynští z Vchynic a Tetova. S nimi město prožilo bouřlivý rok 1848 i obě světové války. Panství jim bylo následně odňato v roce 1945.
