Počátky Kolince jsou velmi úzce provázány s rýžováním zlata na Ostružné, přítoku zlatonosné Otavy. Zřejmě již ve 12. století zde existovala rýžovnická osada, která však náležela hrabatům z Bogenu. K českému státu bylo zdejší území připojeno až 1257 a stalo se nedílnou součástí královského majetku, posléze pak majetku českých královen. Již ve 14. století však kolinecké panství lenním závazkem král předal vlivným pánům z Velhartic, kteří je drželi až do roku 1506, kdy neméně významný a vlivný Zdeněk Lev z Rožmitálu dokázal Kolinec manského závazku definitivně zbavit. Za něj zažívá Kolinec svůj první velký rozkvět a Zdeněk Lev zde také obnovuje starou rýžovnickou tradici. Avšak neuváženými kroky se nakonec Zdeněk Lev dostal do obrovských dluhů, které jeho syn vyřešil prodejem panství. V polovině 16. století tak Kolinec získal nového majitele v osobě Václava Vintíře z Vlčkovic. Vintířové v městečku vystavěli renesanční zámeček, špitál a učinili z Kolince vzkvétající rezidenci, která lákala i příslušníky nižší šlechty.
Na počátku 17. století zakoupila zdejší panství Magdalena Perglarová z Janovic, během války byl Perglarům majetek zkonfiskován, a pak opět navrácen. V době odebrání majetku tu působil nechvalně proslulý vojenský velitel Martin de Hoeff-Huerta, za nějž Kolinec v roce 1623 postihl ničivý požár. Ve 40 letech zase místní sužovalo švédské vojsko. Po Perglarech se tu ještě na chvíli objevili Kocové z Dobrše, avšak roku 1677 skrze dědictví po své manželce získává kolinecká panství Maxmilián Rudolf z Gutštejna, který vymohl na císaři Leopoldovi I. pro Kolinecké potvrzení městských privilegií a zároveň nechal vystavět nový zámeček. Téměř století vlastnila Kolinec rodina Terzi de Sissa. Po nich se zde opět rychle vystřídalo několik majiteů, až v roce 1838 zakoupil zdejší statky hrabě Taaffe a připojil je k Nalžovům. V 19. století v Kolinci též výrazně narostl počet židovského obyvatelstva, v roce 1848 zde žilo 16 rodin. V roce 1888 byla do Kolince zavedena železniční trať, což výrazně napomohlo rozvoji města. Významnou událostí 20. století pak byla návštěva prezidenta Edvarda Beneše, který městem projížděl v květnu 1937.
Kolinec kvůli své podhorské poloze nikdy nedisponoval dostatkem úrodné půdy, i z toho důvodu se zde lidé zaměřovali především na rybolov a zvláště pak na chov pstruhů. Po 2. světové válce zde fungovala pobočka Šumavanu a vyráběly se zde boty. Dnes se snaží přilákat pozornost především výhodnou polohou v blízkosti Národního parku Šumava i větších měst jako jsou Sušice či Klatovy.
