Původně minoritský klášter založil koncem 15. století na místě kaple sv. Michala z počátku 14. století Půta Švihovský z Rýzmberka, jenž si tento kostel vyvolil za místo svého posledního odpočinku. Náhrobek z červeného mramoru, který je dodnes v kostele k vidění, zobrazuje Půtu jako ideál středověkého šlechtice.
V době pobělohorské rekatolizace byl klášter přestavěn a jeho majetek se rozrostl o nové nadace díky Šternberkům. V rámci josefínských reforem byl konvent kláštera zredukován a roku 1814 zaniká zcela. Objekt následně posloužil jako obecní sýpka, škola či koželužna.
Roku 1862 byl kostel znovu vysvěcen poté, co klášter odkoupila kongregace školských sester de Notre Dame, která jej spravuje i v současnosti.
