Zpřístupněné krypty pod jezuitským kostelem Neposkvrněného početí Panny Marie a sv. Ignáce z druhé poloviny 17. století prošly v posledních letech rozsáhlou rekonstrukcí, při níž byl mimo jiné obnoven důmyslný ventilační systém, který zde umožňoval uchovávat mumifikovaná těla zemřelých klatovských jezuitů a jejich mecenášů. V kryptách a v prostorách bývalého jezuitského gymnázia je dnes instalována moderně pojatá expozice přibližující za pomoci vystavených dobových písemných, ikonografických a hmotných pramenů a také za použití multimediálních prostředků dějiny a význam jezuitského řádu a jeho působení v barokních Klatovech.
