Všeruby jsou poprvé zmiňovány již v roce 1212, kdy zde existovalo hradiště s románským tribunovým kostelem sv. Martina, západně od dnešního městečka. Panské sídlo, gotický hrad stojící na místě staršího hradiště, je naposledy připomínáno v roce 1561. Dnes jsou z něj dochované jenom relikty pod kostelem sv. Martina.
Ves samotná se v pramenech objevuje až roku 1378, kdy byla v majetku pánů z Gutštejna. Ti všerubské zboží prodali roku 1520 Kokořovcům, jmenovitě Petrovi Kokořovci z Kokořova. Již v 17. století dochází k zániku panského sídla, obec je spravována vrchností z kunějovického statku. A to až do roku 1848. Po roce 1945 byla německá většina města vysídlena, a teprve v roce 2012 byl Všerubům obnoven status města.
